Povijest iaido-a seže još u 14. stoljeće, kada su nastale mačevalačke škole usmjerene ratnim tehnikama. Nakon ujedinjenja Japana u 16. stoljeću počinje period relativnog mira, tijekom kojeg je samurajska klasa doživjela promjenu od ratnika do rafiniranih pojedinaca
koji su mogli služiti vladi. Vježbanje mačevalačkih vještina prestaje imati isključivo borilačku primjenu, te počinje služiti za razvijanje karaktera. 
Osnivačem iaido-a smatra se Hayashizaki Jinsuke Shigenobu (1546.? - 1621.), koji je, prema legendi, nakon što je danima meditirao doživio prosvjetljenje, kroz koje je dobio uvid u tehnike vađenja mača, tada poznate pod nazivom batto-jutsu ili iai-jutsu. Te su se tehnike prenosile kroz generacije i danas su temelj za dva osnovna stila iaido-a, Muso jikiden eishin ryu, te Muso shinden ryu. Muso jikiden eishin ryu reformirao je Oe Masamichi tijekom Taisho perioda (1912. - 1926.), dok je Muso shinden ryu osnovao Nakayama Hakudo 1932. godine. Hakudo je također zaslužan za popularizaciju termina "iaido".
1969. je krovna japanska kendo federacija prvi put predstavila sedam standardiziranih iaido tehnika (seitei gata), danas poznatih kao Zen Nippon Kendo Renmei Iaido (Skraćeno ZNKR). ZNKR Iaido je stvoren kako bi se promicao iaido među vježbačima kendo-a. Danas se ZNKR Iaido koristi za sva polaganja za viša zvanja pod okriljem međunarodne kendo federacije, te je najpoznatija forma iaido-a na svijetu.
1969. je krovna japanska kendo federacija prvi put predstavila sedam standardiziranih iaido tehnika (seitei gata), danas poznatih kao Zen Nippon Kendo Renmei Iaido (Skraćeno ZNKR). ZNKR Iaido je stvoren kako bi se promicao iaido među vježbačima kendo-a. Danas se ZNKR Iaido koristi za sva polaganja za viša zvanja pod okriljem međunarodne kendo federacije, te je najpoznatija forma iaido-a na svijetu.
